En la época prehispánica fue una aldea totonaca de la Confederación de Mexicaltzingo. Altotonga, hoy municipio, llego a pertenecer a Atzalan. En 1569, siendo vicario de la provincia de Atzalán Fray Diego de López, se construyó la capilla de San Miguel y en 1670 el templo principal.
Lo que ahora es la villa de Atzalan, fue fundada por Mexcaltecutli señor del Mezcalzingo hacia el año 1200. La fundación de Atzalan, se debió a motivos militares, pues se había dado la penetración nahua, principalmente, en Xalacingo y Nautla. El maestro David Ramirez Lavoignet en su libro Tlapacoyan establece que el pueblo de Atzalan, originalmente pueblo confederado, queda convertido en aldea a raíz de la Conquista, estableciéndose aquí la nueva cabecera del señorío. En 1554 lo visita Diego Huitziquitzin a nombre del virrey, dando en él posesión del cacicazgo a Don Pedro Fernández Pimentel, descendiente del señor del Mezcalcingo.
Durante la conquista española, Atzalan fue de los primeros pueblos que recibieron la influencia del conquistador, el padre Francisco María Cortés, en su monografía de la parroquia de San Andrés Atzalan, establece que en el año 1639 se construyó la primera iglesia de este pueblo, la torre solitaria del campanario se construyó en el año de 1702.
En el siglo pasado, en los años ochenta, siendo jefe político del cantón de Jalacingo Don Agustín Romo, se trasladó al pueblo de Atzalan los poderes cantonales o sea el juzgado de primera instancia, la agencia del ministerio público, el registro público de la propiedad, el reclusorio y la guardia de rurales; en esta época se inició la construcción del palacio municipal sobre lo que se conocía, desde la época de la colonia, como casas reales, la cual fue terminada en 1901.
Los poderes cantonales duraron en Atzalan dos años, debido a la influencia de la familia Villegas asentada en Jalacingo, éstos retornaron a esa población. Durante este tiempo, el pueblo de Atzalan tuvo un resurgimiento económico por encima de las poblaciones aledañas, así el primero de diciembre de 1891, el pueblo de Atzalan fue elevado a la categoría de villa; para recordar este hecho, existe una placa conmemorativa que se encuentra incrustada en el kiosco del parque Colón.
Con el advenimiento de la revolución los capitales que había en Atzalan desaparecieron, lo que la aletargó. Durante la época revolucionaria tocó a Atzalan tener el honor de haber sido testigo de la primera restitución de tierras hecha legalmente, es decir, que una vez promulgada la ley del 6 de enero de 1915, las comunidades de La Florida, Sompázol, Tatzallanala, Ictzictic y Xontaxpan recobraron las tierras de las cuales habían sido despojados y que detentaba el licenciado Benigno Ríos, propietario de la hacienda de Santa Cruz; esta restitución fue hecha por el teniente de armas (así se llamaba al presidente municipal) Aurelio Pazos Martínez.
LOCALIZACIÓN
Se localiza en la zona centro del estado, en las coordenadas 19° 47′ latitud norte y 97° 14′ longitud oeste, a una altura de 1,660 metros sobre el nivel del mar. Limita al norte con Martínez de la Torre, al este con Misantla, al sureste con Tenochtitlán, al sur con Altotonga, al suroeste con Jalacingo y al noroeste con Tlapacoyan. Su distancia aproximada por carretera a la capital del estado es de 75 Km.
EXTENSIÓN
Tiene una superficie de 518.12 Km2, cifra que representa un 0.20 % del total del estado.
OROGRAFÍA
El municipio se encuentra ubicado en la zona central del estado, en las estribaciones montañosas de la Sierra de Chiconquiaco.
HIDROGRAFÍA
Se encuentra regado por los ríos Alseseca y Colorado, que son tributarios del Nautla.
CLIMA
Su clima es templado-húmedo-regular con una temperatura promedio de 16.2°C, su precipitación pluvial media anual es de 2,245.5 mm.
PRINCIPALES ECOSISTEMAS
Flora
Los ecosistemas que coexisten en el municipio son el de bosque mixto y coníferas con especies como el pino pátula y el liquidámbar.
Fauna
Existen los conejos, armadillos, tejones, mapaches, tlacuaches, zorrillos y codornices.
RECURSOS NATURALES
Su riqueza está representada por minerales como la toba básica; entre su vegetación sobresalen el pino, el encino y maderas preciosas por su valor en el mercado.
MONUMENTOS HISTÓRICOS
Filo Bobos
Gran plaza totonaca, la cual se encuentra resguardada por acantilados cañones y barrancas; es cruzada por el rió Bobos, dentro de la zona destacan dos sitios arqueológicos «El Cuajilote» y «Vega de la Peña», en las que se encuentra un área urbana, el edificio de un juego de pelota o Tlachi, una plaza rectangular con edificios. El área es un auténtico paradigma de belleza y majestuosidad, rodeada de misterio y magia.
